Quanto aos argumentos contra estes organismos temos por exemplo o facto de os animais serem providos de sistema nervoso e de uma sensibilidade muito comparável à nossa.Os animais, ao terem um organismo tão complexo serão os cientistas capazes, na verdade, de controlar e prever todos os efeitos que possam ocorrer, será outro aspecto importante.
A modificação genética de plantas coloca problemas quanto ao seu impacto no ambiente natural e à sua utilização enquanto alimentos. Nestes casos, só podem ser utilizados genes sem efeitos nefastos para não contaminar plantas de cultivo e selvagens vizinhas.
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